Năm 1959, Giáo hội Tăng già Nam Việt xin phép Chính phủ thành lập trường Trung-Tiểu học Bồ Đề Chợ Lớn [2], đặt cơ sở tại chùa Giác Ngộ, do Thượng tọa Quảng Liên làm Hiệu trưởng. Từ năm 1964 đến năm 1975, Trường do Thượng tọa Quảng Chánh làm Hiệu trưởng. Chương trình đào tạo gồm 2 cấp tiểu học và trung học đệ nhất cấp. Về tiểu học có 12 lớp, mỗi lớp trên 120 học sinh, dạy từ lớp Năm đến lớp Nhất. Chương trình Trung học đệ nhất cấp có 16 lớp, dạy từ đệ nhất đến đệ tứ, mỗi lớp có trên 65 học sinh. Tổng cộng tiểu học có 1.440 học sinh, trung học đệ nhất cấp có 1.040 học sinh. Vào ngày 21/5/1970, Chùa Giác Ngộ được HT. Thích Thiện Hòa trùng tu theo giấy phép số 171 của Sở Thiết kế Đô Thành Sài Gòn. Đây là diện mạo của Chùa Giác Ngộ như chúng ta thấy hiện nay. Đây là trường tư thục Phật giáo đầu tiên tại Sài Gòn – Chợ Lớn,[3], góp phần đào tạo thế học song song với minh triết Phật giáo cho hàng ngàn thanh thiếu niên Phật tử, nhờ đó giới trẻ Phật giáo sống có lý tưởng, an vui và hạnh phúc[4]. Sau ngày 30/4/1975, cùng chung số phận của các trường tư thục lúc bấy giờ, Trường Bồ Đề Giác Ngộ - Chợ Lớn đã bị đóng cửa.